C#のプロジェクトをビルドするときはAppVeryorというサービスを使っているのですが、1つのリポジトリ内に複数のソリューションが存在した場合、ビルドが落ちます。

こういう場合はAppVeyorのyamlでビルドしたいソリューションを指定します。

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build: 
project: MySolution.sln

同様に、ビルド前にNugetをインストールする場合はソリューション名を指定する必要があります。

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before_build:
- nuget restore MySolution.sln

ただ、これだとリポジトリ内の全てのソリューションをビルドできません…

複数のソリューションをビルドしたい場合はリポジトリを分割するか、ビルド用のバッチを作成してAppVeyorで実行する(←やったことないけど…)とかで対応する必要があるんでしょうか?